Южноафриканский футболист начинал карьеру на родине, а в 2001 году присоединился к московскому «Локомотиву». «Яша» провел за «железнодорожников» свыше 100 матчей и помог команде завоевать чемпионский титул в 2002 году. В 2004 году защитник, на счету которого более 20 игр за национальную сборную ЮАР, был вынужден прервать карьеру в московском клубе и вернуться на родину – предположительно, из-за болезни жены.

В начале 2007 года прошла информация, что Лекхето погиб в автокатастрофе, но она оказалась ложной. Полтора года спустя – 9 сентября 2008 года – Джейкоб Лекхето умер. Предположительная причина смерти – СПИД.