В сезоне-2007 "Локомотив" становится на новые рельсы: тренером команды назначают Анатолия Бышовца, в президентское кресло садится вернувший в "Локо" Юрий Семин.

Ещё на предсезонке становится понятно: Бышовец пришел в команду со своим уставом. Покоритель Сеула-88 конфликтует с Вадимом Евсеевым и выдворяет его из клуба. Не все гладко и в отношениях с многолетним капитаном и лидером "Локо" - Дмитрием Лоськовым. Перед полуфинальной встречей Кубка со "Спартаком" его отправляют в дубль, где уже к тому времени прозябает Марат Измайлов.

Команда переживает перестройку: и вот уже в защите вчерашний дублер Ефимов и новобранец Родолфо вытесняют Сенникова и Пашинина, в полузащите всё больше доверяют Роману Концедалову, списав в утиль Маминова. Играет "Локо" весело, красиво, но нестабильно. И со стороны сложно понять: футболисты выполняют тренерскую установку или играют сами по себе, на кураже.

Вот так, на фоне перестройки и внутренних конфликтов, "Локомотив", буксуя в чемпионате, завоевывает Кубок России.

Также в розыгрыше Кубка России 06/07 за "Локомотив" выступали: Вадим Евсеев (2 матча, 180 минут), Иван Старков (2 матча, 164 минуты, 1 ЖК), Эрик Корчагин (2 матча, 108 минут), Малхаз Асатиани (1 матч, 90 минут, 1 ЖК), Шамиль Асильдаров (1 матч, 90 минут), Зуаги Шакер (1 матч, 90 минут), Лари Кингстон (1 матч, 90 минут), Селсиньо (1 матч, 77 минут), Алексей Чичиков (1 матч, 68 минут), Марат Измайлов (2 матча, 66 минут), Марьян Хад (1 матч, 16 минут), Георгий Габулов (1 матч, 13 минут) / Славолюб Муслин (2 матча в качестве главного тренера).

Примечание: Статистика игроков за "Локомотив" указана только в Кубке России 06/07; статистика наших дней - за сезон 2016/2017 (осень-весна) и 2016 (весна-осень) с учетом всех официальных матчей на клубном уровне.